読み替えが適用されるのは、平成１２年４月１日以降であることに注意

この法律は、「平成１２年４月１日から適用する」と定められています。

つまり、平成１２年３月３１日までに旧指定科目（３２科目）を履修して卒業した方に関しては、 読み替えが適用されないということになります。

gooの掲示板でも同様の質問があって、良回答だったので、そちらを引用します。

• 平成12年３月31日までに旧指定科目（32科目）を履修して卒業した者
  ⇒ 旧指定科目が適用されます。
  ⇒ 履修科目名と旧指定科目名とが一致している必要があります。
  ⇒ 科目名の読み替えは認められません。


• 平成12年４月１日以降に入学して履修を始めた者
  ⇒ 新指定科目が適用されます。
  ⇒ 一定の範囲内で科目名の読み替えが認められます。


• 平成12年４月１日現在で大学に在籍していた者
  ⇒ 新・旧どちらの指定科目でもＯＫです。

引用元：教えてgoo掲示板の質問